1999年，中央工艺美术学院并入清华大学，成为清华大学美术学院。

　　2003年，401医院和402医院并入清华大学成为附属医院(华信医院和玉泉医院)。

　　北京大学

　　2000年，北京大学与原北京医科大学合并，组建了新的北京大学。

　　对外经济贸易大学

　　1983年，国际经济管理学院与北京对外经济贸易学院(现名“对外经济贸易大学”)合并。2000年，原中国金融学院与原对外经济贸易大学合并成立新的对外经济贸易大学。

　　中央财经大学

　　1998年，中央财政管理干部学院重新并入中央财经大学。

　　北京交通大学

　　2000年，北京电力高等专科学校被并入北方交通大学。

　　2003年，北方交通大学更名为北京交通大学。

　　南开大学

　　1994年，天津对外贸易学院并入南开大学。

　　2010年，中国旅游管理干部学院整建制划转南开大学，南开大学旅游与服务学院成立。

　　东北大学

　　1995年，沈阳黄金学院并入东北大学。

　　吉林大学

　　2000年，原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建了新的吉林大学。

　　2004年，原中国人民解放军军需大学并入吉林大学。

　　复旦大学

　　2000年，上海医科大学与复旦大学合并，成立新的复旦大学。

　　同济大学

　　1996年，原上海建材工业学院和上海城建学院并入同济大学。

　　2000年，原上海铁道大学与同济大学合并组建新的同济大学。

　　上海交通大学

　　1999年，上海农学院并入上海交通大学。

　　2005年，上海第二医科大学并入上海交通大学。

　　江南大学

　　2001年，无锡轻工大学、江南学院、无锡教育学院合并组建成江南大学。

　　2003年，原东华大学无锡校区整体并入江南大学。

　　浙江大学

　　1998年，原浙江大学、杭州大学、浙江农业大学和浙江医科大学四校实现合并，组建了新浙江大学。

　　山东大学

　　2000年，原山东大学、原山东医科大学、原山东工业大学合并组建成新的山东大学。

　　武汉大学

　　2000年，武汉大学、武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学、湖北医科大学合并成组建成新的武汉大学。

　　华中科技大学

　　2000年，原同济医科大学、武汉城市建设学院与华中理工大学合并，组建成华中科技大学。

　　武汉理工大学

　　2000年，武汉工业大学、武汉交通科技大学、武汉汽车工业大学三校合并组建成武汉理工大学。

　　湖南大学

　　2000年，湖南财经学院并入湖南大学。

　　2002年，湖南计算机高等专科学校并入湖南大学。

　　中南大学

　　2000年，中南工业大学、湖南医科大学和长沙铁道学院合并组建成中南大学。

　　中山大学

　　2001年，原中山大学和中山医科大学合并组建新的中山大学。

　　华南理工大学

　　1978年，华南工学院和广东化工学院合并成立华南工学院。

　　1988年，华南工学院更名为华南理工大学。

　　重庆大学

　　2000年，重庆大学、重庆建筑大学、重庆建筑高等专科学校合并组建成新的重庆大学。

　　四川大学

　　1994年，原四川大学和成都科技大学合并，成立四川联合大学。 1998年，四川联合大学再度更名为四川大学。

　　2000年，华西医科大学并入四川大学。

　　西安交通大学

　　2000年，西安医科大学、陕西财经学院并入西安交通大学。

　　长安大学

　　2000年，西安公路交通大学、西安工程学院和西北建筑工程学院三校合并组建成长安大学。

　　兰州大学

　　2002年，甘肃省草原生态研究所并入兰州大学。

　　2004年，兰州医学院重新并入兰州大学。