全国目前有32所副部级大学，普遍认为“副部级大学”是当前国内最顶尖的大学。这些高校的校长、书记等高层领导由中共中央、中央组织部联合任命，而非通常的教育部任命。

　　副部级大学只是一般的俗称，严格意义上，国内的普通本科高校都是正局级单位，但是，有一些高校因为合并，政策照顾等等原因，这些高校的党委书记和校长高配为副部级，由中组部管理。

　　1、清华大学

　　一级学科国家重点学科：数学、物理学、生物学、力学、机械工程、光学工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、水利工程、化学工程与技术、核科学与技术、生物医学工程、管理科学与工程、工商管理、药学

　　2、北京大学

　　一级学科国家重点学科：哲学、理论经济学、法学、政治学、社会学、中国语言文学、历史学、数学、物理学、化学、地理学、大气科学、生物学、力学、电子科学与技术、计算机科学与技术、口腔医学、药学

　　3、中国人民大学

　　一级学科国家重点学科：哲学、理论经济学、应用经济学、法学、社会学、马克思主义理论、新闻传播学、工商管理

　　4、北京师范大学

　　一级学科国家重点学科：教育学、心理学、中国语言文学、数学、地理学、马克思主义哲学、民俗学、史学理论与史学史、中国古代史理论、物理、物理化学、细胞生物学、生态学、系统理论、环境科学、教育经济与管理

　　5、哈尔滨工业大学

　　国家重点学科一级学科：力学、机械工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、控制科学与工程、计算机科学与技术、土木工程、管理科学与工程

　　6、北京航空航天大学

　　一级学科国家重点学科：管理科学与工程，航空宇航科学与技术，计算机科学与技术，控制科学与工程，材料科学与工程，仪器科学与技术，机械工程，力学

　　7、中国农业大学

　　一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源与环境、畜牧学、兽医学、农业工程

　　8、北京理工大学

　　一级学科国家重点学科：机械工程、光学工程、信息与通信工程、兵器科学与技术

　　9、中国科学技术大学

　　一级学科国家重点学科：数学、物理学、化学、地球物理学、生物学、科学技术史、力学、核科学与技术

　　10、复旦大学

　　一级学科国家重点学科：哲学、理论经济学、中国语言文学、新闻传播学、数学、物理学、生物学、化学、电子科学与技术、基础医学、中西医结合

　　11、上海交通大学

　　一级学科国家重点学科：船舶与海洋工程、机械工程、生物医学工程、力学、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、控制科学与工程、计算机科学与技术、管理科学与工程

　　12、西安交通大学

　　一级学科国家重点学科：机械工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、控制科学与工程、生物医学工程、管理科学与工程、工商管理

　　13、西北工业大学

　　一级学科国家重点学科：材料科学与工程、航空宇航科学与技术

　　14、浙江大学

　　一级学科国家重点学科：数学、化学、机械工程、光学工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、控制科学与工程、电气工程、土木工程、生物医学工程、园艺学、农业资源利用、植物保护、管理科学与工程

　　15、南京大学

　　一级学科国家重点学科：中国语言文学、数学、物理学、化学、天文学、地质学、生物学、计算机科学与技术学

　　16、中山大学

　　一级学科国家重点学科：生物学、工商管理

　　17、南开大学

　　一级学科国家重点学科：理论经济学、应用经济学、数学、化学、光学工程、历史学

　　18、武汉大学

　　一级学科国家重点学科：理论经济学、生物学、水利工程、测绘科学与技术、图书馆、情报与档案管理

　　19、四川大学

　　一级学科国家重点学科：中国语言文学、数学、材料科学与工程、生物医学工程、口腔医学

　　20、天津大学

　　一级学科国家重点学科：化学工程与工艺、光学工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、建筑学、水利工程、管理科学与工程

　　21、中南大学

　　一级学科国家重点学科：机械工程、土木工程、材料科学与工程、交通运输工程、矿业工程、管理科学与工程、临床医学

　　22、华中科技大学

　　一级学科国家重点学科：机械工程、光学工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、控制科学与工程、生物医学工程

　　23、山东大学

　　一级学科国家重点学科：材料科学与工程、数学

　　24、厦门大学

　　一级学科国家重点学科：理论经济学、应用经济学、化学、海洋科学、工商管理

　　25、同济大学

　　一级学科国家重点学科：建筑学、土木工程、交通运输工

　　26、西北农林科技大学

　　一级学科国家重点学科：植物病理学、土壤学、农业水土工程、临床兽医学、果树学、动物遗传育种与繁殖、农业经济管理

　　27、大连理工大学

　　一级学科国家重点学科：力学、水利工程、化学工程与技术、管理科学与工程

　　28、吉林大学

　　一级学科国家重点学科：数学、化学、机械工程、地质资源与地质工程、基础医学、基础兽医学

　　29、重庆大学

　　一级学科国家重点学科：机械工程、电气工程、生物医学工程

　　30、东南大学

　　一级学科国家重点学科：电子科学与技术、信息与通信工程、建筑学、交通运输工程、生物医学工程

　　31、兰州大学

　　一级学科国家重点学科：固体力学、生态学、植物学、自然地理学、有机化学、粒子物理与原子核物理、民族学、区域经济学

　　32、国防科学技术大学

　　为副大军区级，属中国人民解放军中央军委直属院校，对应地方行政级别为副部级。