●2012年4月24日，据教育部网站消息，教育部日前向广东省政府发出通知，同意建立南方科技大学。教育部同时要求该校遵守《教育法》和《高等教育法》的基本精神，依法办学，遵循国家基本教育制度。

　　●2011年12月3日，南方科技大学教育基金会召开理事会第一次会议，标志着该校教育基金会正式成立。南科大校长朱清时透露，学校已接收捐款超过200万元。 

　　●2011年7月7日，“神童”苏刘溢被南科大证实想回家，并未退学。

　　●2011年6月29日，南科大一名学生退学称不满拒绝高考行动，朱清时回应称每个学校都会遇到学生退学，对于学生离开一事，朱清时称“不上课和不参加考试”才是该学生离开的真正原因。 

　　●2011年6月19日，南科大内部出现分歧，多位核心团队成员离开。朱清时对此回应，称三位港科大教授系因薪酬方面原因离开。

　　●2011年6月9日，南科大对外公布《南方科技大学管理暂行办法》。“充分放权”和“鼓励创新”成为该《办法》的两个关键词，它赋予南科大在机构编制、人事财务、教学科研和招生收费等方面充分的自主权。 

　　●2011年6月7日，南科大无人参加高考。45名学生集体缺考，考场被迫取消。 

　　●2011年5月27日，教育部正式回应南科大45名教改班生须参加高考。朱清时表示不认同此做法。 

　　●2011年5月10日，南科大网站公布《关于公开推荐选拔南方科技大学(筹)副校长等领导干部的公告》，其中，明确注明正局级行政级别的两个南科大副校长职位。截至10日，报名人数已达86人。朱清时在接受采访时说，学校虽然提出去行政化，但如果完全跟政府不对接，也有困难之处。对于任命正局级副校长一事，南科大被指架空朱清时的人事权。5月27日，南科大副校长9位候选人胜出。